Botanische tuinen in Nederland beheren samen de Nationale Plantencollectie.Deze collectie bestaat uit taxonomisch verantwoord beheerde, levende planten die vaak zijn ondergebracht bij botanische tuinen. Elk van deze tuinen beheert één of meer deelcollecties, die voor Nederland in wetenschappelijk, cultuurhistorisch of maatschappelijk opzicht van bijzondere waarde zijn. Ook de Hortus heeft zich gespecialiseerd in enkele plantengroepen en werkt zo mee aan het behoud van deze bijzondere Nationale Plantencollectie. De deelcollecties van de Nationale Plantencollectie zijn met name tot stand gekomen ten behoeve van universitair onderwijs en wetenschappelijk onderzoek. Ook kwam een deel van deze collecties tot stand in het kader van handelsreizen in de 17e en 18e eeuw. Naast universitaire botanische tuinen is een aantal tuinen opgericht door particulier initiatief, waarbij o.a. bolgewassen, maar vooral houtige gewassen bijeen werden gebracht. Houtige gewassen werden ondergebracht in bomentuinen of arboreta. Een aantal van deze arboreta werd toegevoegd aan universitaire tuinen zonder de locatie wijzigen.